Korrelasjon mellom 3790 kvantitativ polymerasekjedereaksjon – positive prøver og positive cellekulturer, inkludert 1941 alvorlig akutt respiratorisk syndrom Coronavirus 2 isolater

TIL REDAKTOREN — Utbruddet av coronavirus sykdommen 2019 (COVID-19) pandemi på grunn av alvorlig akutt respiratorisk syndrom coronavirus 2 (SARS-CoV-2) ble erklært en pandemi 12. mars 2020 av Verdens helseorganisasjon [ 1 ]. Et stort problem relatert til utbruddet har vært å korrelere viral RNA-belastning oppnådd etter revers transkripsjon polymerasekjedereaksjon (RT-PCR) og uttrykt som syklusterskelen (Ct) med smittsomhet og derfor varighet av utkastelse fra kontakter og utslipp fra spesialiserte smittsomme sykdomsavdelinger. Flere nylige publikasjoner, basert på mer enn 100 studier, har forsøkt å foreslå en cutoff Ct-verdi og varighet av utkastelse, med enighet på henholdsvis Ct> 30 og minst 10 dager [ 2–5 ]. I en artikkel publisert iKliniske smittsomme sykdommer , Bullard et al. Rapporterte at pasienter ikke kunne være smittsomme med Ct> 25 da viruset ikke påvises i kultur over denne verdien [ 6 ]. Denne grensen ble deretter fremkalt i franske medier under et intervju med et medlem av det franske vitenskapelige rådet Covid-19 som en mulig verdi over hvilken pasienter ikke lenger er smittsomme [ 7 ].

I begynnelsen av utbruddet korrelerte vi Ct-verdier oppnådd ved hjelp av vår PCR-teknikk basert på amplifikasjon av E-genet og resultatene av kulturen [ 8 ]. Siden begynnelsen av pandemien har vi utført 250 566 SARS-CoV-2 RT-PCR for 179 151 pasienter, hvorav 13 161 (7,3%) testet positive. Fram til slutten av mai ble 3790 av disse prøvene, rapportert som positive på nasofaryngeale prøver, inokulert og behandlet for kultur som tidligere beskrevet [ 8]. Av disse 3790 inokulerte prøvene kunne 1941 SARS-CoV-2-isolater oppnås etter den første inokuleringen eller opptil 2 blinde subkulturer. Korrelasjonen mellom skannerverdiene og kulturens positivitet gjør at vi kan observere at bildet som er oppnådd med 10 ganger flere isolater enn i vårt forarbeid (1941 mot 129) ikke endres vesentlig ( figur 1 ). Det kan observeres at ved Ct = 25 forblir opptil 70% av pasientene positive i kultur, og at ved Ct = 30 faller denne verdien til 20%. Ved Ct = 35 er verdien vi brukte for å rapportere et positivt resultat for PCR, <3% av kulturene positive. Vår Ct-verdi på 35, opprinnelig basert på resultatene oppnådd av RT-PCR på kontrollnegative prøver i vårt laboratorium og innledende resultater av kulturer [ 8], er validert av resultatene her presentert og er i samsvar med det som ble foreslått i Korea [ 9 ] og Taiwan [ 10 ]. Vi kunne observere at subkulturer, spesielt den første, tillater en økende prosentandel av virusisolasjon i prøver med Ct-verdier, og bekrefter at disse høye Ct-verdiene stort sett er korrelert med lave virusbelastninger. Fra vår kohort må vi nå prøve å forstå og definere varigheten og hyppigheten av levende virusutstøting hos pasienter fra sak til sak i sjeldne tilfeller når PCR er positiv utover 10 dager, ofte ved en Ct> 30 . I noen tilfeller bør disse sjeldne tilfellene ikke påvirke folkehelsebeslutninger.Figur 1.Åpne i ny faneLast ned lysbildet

Andel positive viruskulturer av alvorlig akutt respiratorisk syndrom coronavirus 2 polymerasekjedereaksjon – positive nasopharyngeal prøver fra coronavirus sykdom 2019 pasienter, i henhold til Ct-verdi (vanlig linje). Den stiplede kurven indikerer polynomregresjonskurven. Forkortelser: Ct, syklusterskel; Poly., Polynom.

Merknader

Etisk godkjenning. Protokollen ble godkjent av University Hospital Institute Méditerranée Infection Ethical Committee. Alle pasienter ga informert samtykke i samsvar med Helsinki-erklæringen.

Økonomisk støtte. Denne forskningen ble finansiert av den franske regjeringen under Investissements d'avenir (Investments for the Future) -programmet forvaltet av Agence Nationale de la Recherche (fransk nasjonalt forskningsbyrå; referanse: Méditerranée Infection 10-IAHU-03) og av Région Provence -Alpes-Côte d'Azur og europeisk finansiering Fond Europen de Recheche et developpement (FEDER) PRIMI.

Potensielle interessekonflikter. DR rapporterer tilskudd fra Hitachi High-Tech Corporation utenfor det innsendte arbeidet. Alle andre forfattere rapporterer ingen potensielle konflikter. Alle forfattere har sendt inn ICMJE-skjemaet for avsløring av potensielle interessekonflikter. Det er avslørt konflikter som redaksjonen anser som relevante for innholdet i manuskriptet.

Referanser

1.Adhanom   T. Verdens helseorganisasjons generaldirektør innledende bemerkninger ved medieopplysningen om COVID-19-11. mars 2020. Tilgjengelig på: https://www.who.int/dg/speeches/detail/who-director-general-s-opening-remarks-at-the-media-briefing-on-covid-19—11-march -2020 .Tilgang 20. september 2020.2.Jefferson   T, Spencer   E, Brassey   J, Heneghan   C. Viruskulturer for  COVID-19 smittsomhetsvurdering. Systematisk gjennomgang. medRxiv  2020: 2020.08.04.20167932.

Google Scholar 3.Rhee   C, Kanjilal   S, Baker   M, Klompas   M. Varighet av SARS-CoV-2-smittsomhet: når er det trygt å avbryte isolasjonen?  Clin Infect Dis  2020; doi: 10.1093 / cid / ciaa1249 .

Google Scholar 4.Singanayagam   EN, Patel   M, Charlett   ENet al.   Varighet av smittsomhet og korrelasjon med terskelverdier for RT-PCR-syklus i tilfeller av COVID-19, England, januar til mai 2020. Eurosurveillance  2020; 25:2001483. doi: 10.2807 / 1560-7917.ES.2020.25.32.2001483 .

Google ScholarKryssref 5.Cevik   M, Tate   M, Lloyd   O, Maraolo   AE, Schafers   J, Ho   EN. SARS-CoV-2, SARS-CoV-1 og MERS-CoV viral load dynamics, varighet av viral shedding og infeksiøsitet: en levende systematisk gjennomgang og metaanalyse. Smittsomme sykdommer (unntatt hiv / aids)  2020. doi: 10.1101 / 2020.07.25.20162107 .

Google Scholar 6.Bullard   J, Støv   K, Funk   Det al.   Forutsi smittsom alvorlig akutt respiratorisk syndrom coronavirus 2 fra diagnostiske prøver. Clin Infect Dis  2020; doi: 10.1093 / cid / ciaa638 .

Google Scholar 7.Senecat   EN. Covid-19: l'hypersensibilité des tests PCR, entre intox et vrai débat. Le Monde.fr. 2020. Tilgjengelig på: https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/09/09/covid-19-l-hypersensibilite-des-tests-pcr-entre-intox-et-vrai-debat_6051528_4355770.html .Tilgang 20. september 2020.8.La Scola   B, Le Bideau   M, Andreani   Jet al.   Viral RNA-belastning som bestemt av cellekultur som et styringsverktøy for utskrivning av SARS-CoV-2-pasienter fra avdelinger for smittsomme sykdommer. Eur J Clin Microbiol Infect Dis  2020; 39:1059-61.

Google ScholarKryssrefPubMed 9.Chang   MC, Hur   J, Parkere   D. Tolke COVID-19-testresultatene: en veiledning for fysiologer. Am J Phys Med Rehabil  2020. doi: 10.1097 / PHM.0000000000001471 .

Google Scholar 10.Chen   CJ, Hsieh   LL, Lin   SKet al.   Optimalisering av CDC-protokollen for molekylær diagnose av COVID-19 for rettidig diagnose. Diagnostikk  2020; 10:333.

Google ScholarKryssref © Forfatter (e) 2020. Publisert av Oxford University Press for the Infectious Diseases Society of America. Alle rettigheter forbeholdes. For tillatelser, e-post: journals.permissions@oup.com.Denne artikkelen er publisert og distribuert under vilkårene for Oxford University Press, Standard Journals Publication Model ( https://academic.oup.com/journals/pages/open_access/funder_policies/chorus/standard_publication_model )